A fundação de Cafelândia coincide com a inauguração da Estação Afonso Pena, da Estrada de Ferro Noroeste do Brasil, a antiga N O B.
Seu nome é devido ao grande plantio de café, que fez deste Município, um dos maiores produtores mundiais.
Seus primeiros moradores foram: os irmãos José e Jacob Zucchi, Coronel Maurício Gonçalves Moreira, Pedro Theodoro Raposo dos Santos, José de Oliveira Guedes e Coronel Beraldo Arruda.
Em 1906, inaugurou-se a Estação Afonso Pena, em terras doadas pelos irmãos Zucchi. A Estação ficava longe do povoado, posteriormente, José Zucchi mandou edificar a povoação de Afonso Pena, providenciando inclusive, diversos melhoramentos urbanos. De ambos os lados do Córrego Saltinho, surgiram dois povoados: Pena, à margem esquerda, em terras da família Zucchi e à direita, Cafelândia, em terras doadas pelo Cel.Beraldo Arruda. O progresso era tal que a povoação ganhou foros de comunidade, e, como era inevitável, o bairrismo dos dois lados muitas vezes se transformava em rixa, o que de um lado era lamentável, de outro, era compensado pelo progresso que ambos buscavam para se superarem. Com as partes sempre crescendo, estas resolveram se unir, dando início a nossa evolução política. Interessante notar que a parte alta da Cidade, ainda hoje denominada de “Pena”, possui ruas e avenidas largas, com grandes quarteirões, tudo bem planejado. Ali foram construídos edifícios, para a época, suntuosos, como o Antigo Colégio Sagrado Coração de Jesus, com o prédio da “Betania” ao lado, local onde residiam as freiras aposentadas, e mais abaixo, a Escola Técnica de Comércio, pertencente à mesma Irmandade. No Pena também foi construída a monumental Catedral Diocesana de Santa Izabel, Igreja em estilo gótico, até hoje um orgulho dos cafelandenses, na época em que foi construída, sediou o Bispado da Noroeste, abrangendo cidades das regiões noroeste e alta paulista, entre outras: Lins, Penápolis, Marília e Tupã.
A Diocese de Cafelândia, foi criada por bula papal de 1926, indo até 1950, quando foi transferida para a cidade de Lins. Foram construídos ainda nesse bairro, os Edifícios do Fórum, a antiga Escola do Colégio Estadual e Escola Normal “Valdomiro Silveira”, além do Antigo Grupo Escolar “Presidente Afonso Pena”. É nessa parte da cidade que está localizado o Estádio de Futebol do “Glória Futebol Clube”, presente na memória dos antigos esportistas cafelandenses pelas suas brilhantes conquistas. Já na chamada parte baixa da cidade, conhecida por Cafelândia, o traçado das ruas e avenidas foi efetuado de maneira totalmente diferente, imitando talvez, cidades como Paris, na França, foi projetado avenidas e ruas saindo das praças. Praças, como a principal, onde está localizada a Igreja Matriz de Nossa Senhora do Carmo, denominada Praça Beraldo Arruda. A Praça Quintino Bocaiúva, no centro comercial, onde se localizava a Antiga Estação Rodoviária e a extinta Praça Campos Sales, que ocupava uma área considerável no bairro Jaguaribe e foi transformada em área residencial, sendo a parte remanescente batizada com o nome de “Praça Dr. Péricles Ferraz do Amaral”.
Hoje Cafelândia, com o êxodo rural que se acentuou desde a década de
1960, implantou novos bairros, como: Vila Belém, Conjuntos de Casas Populares: Nova Cafelândia, Salathiel Soares da Silva I e II (CDHU) Jardins Hélcio Morilas Pecci, Moacira, Orlando Baggio, Ernandes Passanezi, Portal da Fazendinha, Prefeito “Waldemar Sanches”, Solar do Assunção, Parque das Laranjeiras, Alto Cafezal , Residencial Campo Belo, Jardim das Flores e Altos da Vila Belém.
Ainda hoje, Cafelândia continua a se comportar como se fossem duas cidades, com o nosso povo dizendo: vou para Cafelândia ou vou para o Pena, principalmente os mais velhos.
Formação Administrativa:
O Distrito da Sede na povoação de Cafelândia, foi levado à categoria de Vila pela Lei Estadual n.º 1663 de 27.11.1919, ocorrendo sua instalação em 11.04.1920. Desmembrado do território de Pirajuí, elevou-se a município pela Lei Estadual n.º 2113, de 30 de dezembro de 1925, no ano seguinte, mais precisamente no dia 11 de abril de 1926, foi instalada a primeira Câmara Municipal, daí a contagem dos anos de emancipação político-administrativa do município.O primeiro prefeito do município foi o Coronel Maurício Gonçalves Moreira, e o primeiro Presidente da Câmara Juvêncio de Oliveira. Pelo Decreto Estadual n.º 9.775 de 30.11.1943, o Município de Cafelândia passou a abranger o novo Distrito de Júlio Mesquita, como parte integrante da Sede. Assim Cafelândia ficou composta pelos seguintes Distritos: Cafelândia (Sede), Júlio Mesquita e Simões. De acordo com o Decreto Lei Estadual n.º 14.334, de 30.11.1944, que fixou o quadro de divisão territorial administrativo-judiciário do Estado de São Paulo, em vigência no período de 1945 a 1948, Cafelândia perdeu parte do território da Sede, anexado ao de Guarantã e ganhou os distritos de Bacuriti e Cafezópolis. O primeiro formado com partes dos territórios dos distritos de Simões e Sabino e dos Municípios de Cafelândia (Sede) e de Lins. O segundo criado com parte do território de Inhema (atual Júlio Mesquita) e de Cafelândia (Sede). Pelo citado Decreto Cafelândia passou a compor-se dos seguintes distritos: Cafelândia (Sede), Bacuriti, Cafezópolis, Inhema e Simões, posteriormente o distrito de Inhema passou a município com o nome de Júlio Mesquita, sendo desmembrado do Quadro da Divisão Territorial de Cafelândia, que até hoje está assim constituída: Cafelândia (Sede), Bacuriti, Cafezópolis e Simões.